MySQL5にする必要性はないのではないか・・・と、ブログの投稿時間（20秒ぐらい）を見て思ったのですが、ココログも似たようなものだし、MySQL4でも大差はなかった。
MySQL4でのDBもそのまま残してあるので、MovableTypeの接続DBをconfig.cgiを書き換えて切り替えてみましたが、ブログの一覧を出したり、新規作成をしたり、同じ時間帯であればそれほど変わらないようです。
結局はDBサーバではなくウェブサーバ側の反応がちょっと遅いだけなのかもしれません。
それはそれで、サーバの引っ越しをしない限り解決の見込みがない原因で、残念。